1. 设置专门的生物化学系，在系内再细分独立的研究方向。如威斯康星大学麦迪逊分校就设立了独立的生物化学系，并将生物化学专业细分为结构生物学、分子遗传学、分子药学、细胞和发展生物学等研究方向。
2. 将生物化学与分子生物学或细胞生物学合为一个系，生物化学只作为系里的一个研究方向或领域。
3. 将生物化学专业设在化学系之下，生物化学只是化学系下面的一个子研究领域。
就研究方向而言，生物化学对与之关系比较密切的细胞学、微生物学、遗传学、生理学等领域皆产生了深刻的影响。通过对生物高分子结构与功能进行的深入研究，生物化学揭示了生物体物质代谢、能量转换、遗传信息传递、光合作用、神经传导、肌肉收缩、激素作用、免疫和细胞间通讯等许多奥秘，使人们对生命本质的认识跃进到一个崭新的阶段。生物学中有一些看来与生物化学关系不大的学科，如分类学和生态学，事实上都与生物化学有着密切的联系。甚至人们在探讨人口控制、世界食品供应、环境保护等社会性问题时，都需要从生物化学的角度加以考虑和研究。
此外，生物化学还是生物学和物理学之间的桥梁，它将生命世界中所提出的重大而复杂的问题展示在物理学面前，产生了生物物理学、量子生物化学等边缘学科，从而丰富了物理学的研究内容，促进了物理学和生物学的发展。
美国各名校生物化学专业的设置不尽相同，而且生物化学学科本身也是一个跨度很大的研究范畴。因此，如果申请者单独看学校生物系或化学系的介绍，对于申请生物化学专业来说帮助不大。
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